После изучения опыта применения пистолет-пулеметов во время войны с Финляндией и из-за массового использования их противником было принято решение модернизировать ПП. В середине 1940 года на вооружение поступил новый ПП системы Дегтярева. Изменения главным образом коснулись приемника, который теперь был изготовлен для использования дисковых магазинов. Такой магазин вмещал в несколько раз больше патронов, что послужило одной из основных причин модернизации. Для внедрения дисковых магазинов на более раннии модели ПП они выпускались также со специальной горловиной.

Производство было начато в феврале 1940 года. За весь год было изготовлено более 81 тысячи штук. В 1941 году ППД-40 был снят с производство после изготовления около 6 тысяч штук и замены в производстве на ППШ.